| 项 目 | 设定依据 | 许可机关及许可方式 | 备注 |
| 汽车、摩托车整车和发动机生产、装配、加工贸易 | 《国务院批转国家计委等部门关于加强汽车工业项目管理意见的通知》 | 国家发改委或商务部 |
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| 报废汽车回收 | 《报废汽车回收管理办法》 | 省级商务主管部门核发资格认定书 | 取消公安部门特行许可(见；国务院第一批取消行政审批项目第112项) |
| 车辆维修 | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号）和《道路运输条例》、《关于全国农村机械维修点管理办法》 | ①机动车维修由市交通局批准；②农机维修由县级农机管理部门确定机械维修等级 |
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| 从事道路客运、货运经营、从事道路运输站（场）经营 | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号） | 交通局 |
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| 从事出租小汽车营运业务 | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号） | 交通局 |
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| 设立水路运输服务企业 | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号） | 交通局 |
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| 从事港口经营 | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号） | 交通局 |
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| 航空运输 | 《民用航空法》 | ①
设立公共航空运输企业由国务院民用航空主管部门核发公共航空运输企业经营许可证；②从事经营性通用航空由国务院民用航空主管部门核发通用航空经营许可证；③民用航空运输销售代理由国务院民用航空主管部门核发空运销售代理业务经营批准证书；④生产、维修民用航空器及其发动机、螺旋桨和民用航空器上设备由国务院民用航空主管部门审批 | 取消营业部的设立审批（见第一批第535）；民用航空运输销售代理审批保留一年(见第三批改变管理方式第27项 |
| 从事水路营业性运输的单位变更经营范围（跨市部分为初审） | 参照《关于发布深圳市行政审批事项清理结果的决定》（深圳市人民政府令第134号）、《水路运输管理条例》第八条；交通部《水路运输管理条例实施细则》第十七、十八条 | 交通局 |
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| 铁路运输企业设立、撤销、变更审批 | 《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号） | 铁道部 |
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| 设立引航及验船机构审批 | 《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号） | 交通部 交通部 海事局 |
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| 国际海运 | 《国际海运条例》 | ①经营国际船舶运输业务，由国务院交通主管部门核发国际船舶运输经营许可证；②经营无船承运业务、国际船舶代理业务，由国务院交通主管部门登记；③经营国际船舶管理业务，由省级交通主管部门登记 |
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| 铁路工业产品制造及铁路计算机连锁设备制造特许证核发 | 《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号） | 铁道部 |
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| 民用航空运输凭证印刷企业资格认定 | 《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号） | 民航总局 |
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